Η σερραπεπτάση είναι επιβοηθητική σε επώδυνες καταστάσεις που συνοδεύονται από οίδημα ή φλεγμονή, όπως η οσφυαλγία, η οστεοαρθρίτιδα, η ρευματοειδής αρθρίτιδα, η οστεοπόρωση, η ινομυαλγία και το σύνδρομο καρπιαίαου σωλήνα. Επίσης, χρησιμοποιείται σε καταστάσεις όπως η ιγμορίτιδα, η βρογχίτιδα, η λαρυγγίτιδα, η ωτίτιδα, η περιοδοντική νόσος, το σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου και στην ελκώδη κολίτιδα.